1460wurde in Basel mit päpstlicher Ermächtigung die erste Universität der Schweiz gegründet. Es ist anzunehmen, dass es in den Räumlichkeiten der Alten Universität am Rheinsprung schon von Anfang an eine kleine Bibliothek mit einem Grundbestand an Büchern gab, auch wenn die erste schriftliche Erwähnung der Universitätsbibliothek erst auf das Jahr 1471 fällt. In den Anfängen fristete die UB eher ein Nischendasein, denn die Bibliotheken der Klöster mit ihren umfangreichen Beständen waren für die Gelehrten von grösserer Bedeutung als die nur dürftig ausgestattete UB.
1529konnte sich in Basel die Reformation durchsetzen. Die Bücher aus den aufgehobenen Klosterbibliotheken wurden per Ratsbeschluss sukzessive der UB übergeben. Der Jurisprudenzprofessor Bonifazius Amerbach veranlasste in dieser Zeit die Basler Buchdrucker der UB jeweils ein Belegexemplar ihrer Werkstätten abzugeben. Neben den klösterlichen Handschriften bilden diese frühen Druckschriften bis heute einen der grössten Schätze der UB.
1559stellte Heinrich Pantaleon den ersten nach Sachgebieten geordneten Katalog in Buchform zusammen. Dieser wurde bereits 1585 von Christian Wurstisen überarbeitet und in einen alphabetischen Katalog umgewandelt.
1661erwarb die Stadt Basel das Kunstkabinett der Familie Amerbach. Die darin enthaltenen Bücher und Handschriften (9000 Stück) gelangten an die UB, womit sich ihr Bestand mit einem Schlag fast verdoppelte.
1671zog die UB aus Platznot ins "Haus zur Mücke" am Schlüsselberg.
1818Die UB war bis zu Beginn des 19. Jahrhunderts nur einem kleinen Kreis von akademischen Nutzern zugänglich. Heimausleihen wurden von der Obrigkeit kontrolliert und die Öffnungszeiten waren auf ein paar Stunden pro Woche beschränkt. 1818 wurden die Öffnungszeiten verlängert und die gesamte Stadtbevölkerung bekam die Benutzungserlaubnis, was ganz der neuen amtlichen Bezeichnung "Öffentliche Bibliothek der Universität" entsprach.
1849Aufgrund umfangreicher Schenkungen machte sich erneut Platzmangel bemerkbar und die UB zog ins Museum an der Augustinergasse (dem heutigen Naturhistorischen Museum).
1866trat ein neues Universitätsgesetz in Kraft: Die UB erhielt nun zum ersten Mal in ihrer Geschichte regelmässige Staatsbeiträge für Bücherbeschaffung und konnte den ersten vollamtlichen Bibliothekar anstellen. Bisher war die Bibliothek nur nebenamtlich betreut worden.
1889wurde der seit 1559 bestehende Katalog in Buchform durch einen Zettelkatalog abgelöst, was eine systematische Einordnung von Neuzugängen ermöglichte.
1896Gegen Ende des 19. Jahrhunderts genügten die Museumräumlichkeiten den Bedürfnissen der UB bereits nicht mehr. Man entschied sich für einen eigenständigen Bibliotheksbau an der Bernoulli- resp. Schönbeinstrasse. 1896 konnte das neubarocke Gebäude, das ganz den damaligen "modernen" Bibliotheksstandards entsprach, bezogen werden.
1939wurde der Schlagwortkatalog auf Zetteln eingeführt, um auch einen sachlich-thematischen Zugang zum Bestand zu gewähren.
1962-68machten Platzmangel und veraltete Einrichtungen einen Neubau nötig. Der Auftrag ging an den Schweizer Architekten Otto Senn.
1976wurde das Schweizerische Wirtschaftsarchiv (SWA) der UB angegliedert.
1978konnte die Medizinbibliothek als fachspezifische Filiale der UB im neuen Zentrum für Lehre und Forschung des Universitätsspitals Basel eröffnet werden.
1981Mit der Einführung des Bibliothekssystem SIBIL hielt das Computerzeitalter Einzug im Bibliotheksalltag.
1988wurde der Online-Zugriff auf den Katalog (OPAC) möglich.
Im selben Jahr erfolgte die Eröffnung des Wirtschaftswissenschaftlichen Zentrums (WWZ) mit einer Fachbereichsbibliothek, einer weiteren Filiale der UB.
1989schloss sich die UB mit der Stadt- und Universitätsbibliothek Bern zu einem Verbund für die gemeinsame Katalogisierung und Beschlagwortung zusammen.
1992begann man mit dem sukzessiven Einbau von Rollgestellen (Kompaktusanlagen) in den Kellergeschossen, um so den sich erneut abzeichnenden Platzmangel bewältigen zu können.
1995schaltete die UB ihre erste Homepage auf.
Im selben Jahr wurde die Ausleihe automatisiert und das Freihandmagazin eröffnet. Bisher war die Benutzerverwaltung immer noch über Zettel geführt worden.
1997trat ein neues Universitätsgesetz in Kraft, welches die Universität in die Autonomie entliess. Die bisher dem Erziehungsdepartement des Kantons unterstellte UB wurde nun Teil der Universität.
1999wurde der Informationsverbund Deutschschweiz (IDS) gegründet. Die beteiligten Bibliotheken und Bibliotheksverbünde einigten sich auf ein gemeinsames Regelwerk für die Katalogisierung.
Das Integrierte Bibliothekssystem Aleph wurde gemeinsam mit den anderen IDS Bibliotheken in Betrieb genommen.
2002begann die Rekatalogisierung des alten Zettelkatalogs durch die Firma Medea. Damit wurden nun auch die Bestände aus der Zeit vor 1939 über den OPAC zugänglich gemacht.
2004-05vereinfachten die Bibliotheken des IDS über eine gemeinsame Benutzerdatei und den IDS-Kurier den interuniversitären Leihverkehr in der Deutschschweiz.
2007Die dem Buchlauf entsprechenden Strukturen an der UB erwiesen sich für die Verwaltung der elektronischen Medien zunehmend als ungeeignet. 2007 wurde deshalb ein E-Media-Kompetenzzentrum gebildet.
2008Die zweite Homepage wird aufgeschaltet